海や川に立てならべて、水路を示す杭(くい)のことです。澪(みを:水脈のこと)-つ-串(くし)から来ているといわれています。ここで、「つ」は「の」という意味です。

万葉集では、「澪標(みをつくし)」は「尽くす」に掛けて使われています。